Novo oružje za dijagnozu tuberkuloze i otkrivanje otpornosti na lijekove: Nova generacija ciljano sekvenciranje (TNGS) u kombinaciji s strojnim učenjem za dijagnozu preosjetljivosti na tuberkulozu
Izvještaj literature: CCA: dijagnostički model zasnovan na TNG -ovima i strojnom učenju, koji je pogodan za osobe s manje bakterijske tuberkuloze i tuberkuloznog meningitisa.
Naslov teze: Tuberculoulous-ciljano sekvenciranje sljedeće generacije i strojno učenje: ultra osjetljiva dijagnostička strategija za paucificirane plućne cijevi i tubularni meningitis.
Periodično: 《Clinica Chimica Acta》
Ako: 6.5
Datum objave: siječanj 2024
U kombinaciji sa Sveučilištem Kineske akademije znanosti i Pekinškim prsnom bolnicom Kapitalnog medicinskog sveučilišta, makro i mikro-testa uspostavio je model dijagnoze tuberkuloze na temelju nove generacije ciljanog sekvenciranja (TNGS) tehnologije i metode strojnog učenja, što je osiguralo ultra-visoku ultra-visoku Osjetljivost detekcije za tuberkulozu s malo bakterija i tuberkuloznog meningitisa, osigurala je novu metodu dijagnoze preosjetljivosti za kliničku dijagnozu dvije vrste vrsta Tuberkuloza i pomogla je točnoj dijagnozi, otkrivanju otpornosti na lijekove i liječenju tuberkuloze. Istodobno, utvrđeno je da se pacijentova plazma cfDNA može koristiti kao prikladna vrsta uzorka za kliničko uzorkovanje u dijagnozi TBM -a.
U ovom istraživanju, 227 uzoraka plazme i cerebrospinalne tekućine korišteno je za uspostavljanje dvije kliničke kohorte, u kojima su laboratorijski dijagnostički uzorci kohorte korišteni za uspostavljanje modela strojnog učenja dijagnoze tuberkuloze, a klinički dijagnostički uzorci kohorta korišteni su za provjeru etabliranih Dijagnostički model. Svi su uzorci prvo ciljali posebno dizajnirani ciljani bazen sonde za snimanje za Mycobacterium tuberculosis. Zatim, na temelju podataka o sekvenciranju TB-TNGS, model stabla odlučivanja koristi se za provođenje petostrukog unakrsnog validacije na treningu i validacijskim setovima laboratorijskog dijagnostičkog reda, te dobiveni su dijagnostički pragovi uzoraka plazme i uzoraka cerebrospinalne tekućine. Dobiveni prag donosi se u dva testna skupa reda kliničke dijagnoze za otkrivanje, a dijagnostička učinkovitost učenika procjenjuje se krivuljom ROC. Konačno, dobiven je dijagnoza modela tuberkuloze.
Sl. 1 Shematski dijagram istraživačkog dizajna
Rezultati: Prema specifičnim pragovima uzorka CSF DNA (AUC = 0,974) i uzorka cfDNA u plazmi (AUC = 0,908) utvrđenim u ovom istraživanju, među 227 uzoraka, osjetljivost uzorka CSF -a bila je 97,01%, specifičnost je bila 95,65%, a Osjetljivost i specifičnost uzorka u plazmi bila je 82,61% i 86,36%. U analizi 44 uparena uzoraka DNA cfDNA i cerebrospinalne tekućine u plazmi od bolesnika s TBM -om, dijagnostička strategija ovog istraživanja ima visoku konzistentnost od 90,91% (40/44) u DNA u plazmi cfDNA i cerebrospinalne tekućine, a osjetljivost je 95,45% (42/44). U djece s plućnom tuberkulozom, dijagnostička strategija ove studije osjetljivija je na uzorke plazme od rezultata XPERT detekcije uzoraka želučanog soka iz istih bolesnika (28,57% prema 15,38%).
Slika 2 Analiza Učinkovitost modela dijagnoze tuberkuloze za uzorke populacije
Sl. 3 Dijagnostički rezultati uparenih uzoraka
Zaključak: U ovoj studiji utvrđena je preosjetljiva dijagnostička metoda za tuberkulozu, koja može pružiti dijagnostički alat s najvećom osjetljivošću na detekciju za kliničke bolesnike s oligobacilarnom tuberkulozom (negativna kultura). Otkrivanje preosjetljive tuberkuloze na temelju cfDNA u plazmi može biti prikladna vrsta uzorka za dijagnozu aktivne tuberkuloze i tuberkuloznog meningitisa (uzorci u plazmi lakše je prikupiti od cerebrospinalne tekućine za bolesnike za koje se sumnja da je za koju se sumnja da je mozak tuberkuloza).
Originalna veza: https://www.sciencenirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? putem%3diHub
Kratki uvod makro i mikro-testnih proizvoda za otkrivanje tuberkuloze
S obzirom na složenu situaciju uzorka bolesnika s tuberkulozom i različite potrebe, makro i mikro-test pruža kompletan skup NGS otopina za ekstrakciju ukapljenja iz uzoraka sputuma, izgradnju i sekvenciranje knjižnice Qualcomm i analizu podataka. Proizvodi pokrivaju brzu dijagnozu bolesnika s tuberkulozom, otkrivanje rezistencije na lijekove tuberkuloze, upisivanje tuberkuloze Mycobacterium i NTM, dijagnoza preosjetljivosti na tuberkulozu i tuberkuloze bakterija i itd.
Serijski setovi za otkrivanje za tuberkulozu i Mycobacteria:
| Predmet ne | Naziv proizvoda | Sadržaj testiranja proizvoda | vrsta uzorka | primjenjivi model |
| HWTS-3012 | Agent za otpuštanje uzorka | Koristi se u ukapljivanju uzoraka sputuma, dobio je prvoklasni broj zapisa, oprema za strojeve Sutong 20230047. | sputum | |
| HWTS-NGS-P00021 | Qualcomm komplet za otkrivanje količine za preosjetljivu tuberkulozu (metoda hvatanja sonde) | Neinvazivna (tekuća biopsija) otkrivanje preosjetljivosti na bakterije negativnu plućnu tuberkulozu i moždane nodule; Uzorci ljudi za koje se sumnja da su zaraženi tuberkulozom ili ne-tuberkulozom mikobakterije analizirani su metagenomijom sekvenciranja visoke dubine, te podacima o otkrivanju jesu li tuberkuloza ili ne-tuberkuloza Mycobacteria bila inficirana i glavna rezistencija na prvu liniju MyCobactrijem turberterije su osigurani. | Periferna krv, alveolarna tekućina za ispiranje, hidrothoraks i ascites, uzorak punkcije fokusa, cerebrospinalna tekućina. | Druga generacija |
| Hwts-ngs-t001 | Mycobacterium tipkanja i komplet za otkrivanje otpornosti na lijekove (metoda sekvenciranja multipleksa) | Test tipizacije Mycobacterium, uključujući MTBC i 187 NTM；Otkrivanje otpornosti na lijekove Mycobacterium tuberculosis pokriva 13 lijekova i 16 mjesta mutacije jezgre gena otpornosti na lijekove. | Isputum, alveolarna tekućina za ispiranje, hidrothoraks i ascites, uzorak probijanja fokusa, cerebrospinalna tekućina. | Dvostruka platforma druge/treće generacije |
Izdvajamo: HWTS-NGS-T001 MYCOBACTERIUM TIPIZACIJSKI I KOMPEKCIJSKI KOMPEKCIJSKI PROSTORSKI (METODA MULLIKEPLEPLEPLEPTY)
Uvod proizvoda
Proizvod se temelji na glavnim lijekovima prvog i drugog retka opisanih u smjernicama WHO-a, makrolidima i aminoglikozidima koji se obično koriste u smjernicama za liječenje NTM-a, a mjesta otpornosti na lijekove pokrivaju sve skupine vezanih za rezistenciju na lijekove na Tko Mycobacterium tuberculosis kompleksni katalog mutacije, kao i drugi prijavljeni geni otpornosti na lijekove i mjesta mutacija u skladu s istraživanjem i statistikom Literatura visokih bodova u zemlji i inozemstvu.
Identifikacija tipkanja temelji se na NTM sojevima sažetim u smjernicama NTM -a koje je objavio kineski časopis za tuberkulozu i respiratorne bolesti i konsenzus stručnjaka. Dizajnirani temeljni primeri mogu pojačati, slijediti i bilježiti više od 190 NTM vrsta.
Kroz ciljanu multipleks tehnologiju pojačanja PCR, geni genotipizacije i geni otpornih na lijekove u Mycobacteriumu su pojačani multipleks PCR, a dobivena je amplikonska kombinacija ciljnih gena koje treba otkriti. Pojačani proizvodi mogu se izgraditi u biblioteke sekvenciranja visoke ili treće generacije, a sve platforme za sekvenciranje druge generacije i treće generacije mogu se podvrgnuti sekvenciranju visokog dubine kako bi se dobili podaci o sekvenci ciljanih gena. Uspoređujući se s poznatim mutacijama sadržanim u ugrađenoj referentnoj bazi podataka (uključujući kompleks kompleksa mutacije Mycobacterium tuberculosis i njezin odnos s otpornošću na lijekove), utvrđene su mutacije povezane s otpornošću na lijekove ili osjetljivosti lijekova protiv tuberkuloze. U kombinaciji sa samootvorenim rješenjem za liječenje makro i mikro-testa za liječenje uzorka sputuma, problem s niskom efikasnošću pojačanja nukleinske kiseline kliničkih uzoraka kliničkog ispljuva (deset puta veći od tradicionalnih metoda) je riješen, tako da otkrivanje sekvenciranja rezistencije lijekova može biti izravno se primjenjuju na uzorke kliničkih ispljuvaka.
Asortiman otkrivanja proizvoda
34geni povezani s lijekovima18lijekovi protiv tuberkuloze i6Otkriveni su NTM lijekovi koji pokrivaju297mjesta otpornosti na lijekove; Deset vrsta mikobacterium tuberkuloze i više od190Otkrivene su vrste NTM -a.
Tablica 1: Informacije o 18+6 lijekova+190+NTM
Prednost proizvoda
Snažna klinička prilagodljivost: Uzorci ispljuvaka mogu se izravno otkriti s sredstvima za samo-lakiranje bez kulture.
Eksperimentalni rad je jednostavan: prvi krug rada pojačanja je jednostavan, a konstrukcija knjižnice završena je za 3 sata, što poboljšava radnu učinkovitost.
Sveobuhvatno tipkanje i otpornost na lijekove: pokrivanje mjesta za tipkanje i otpornost na lijekove MTB i NTM, koji su ključne točke kliničke zabrinutosti, točnog tipizanja i otkrivanja otpornosti na lijekove, podržavajući neovisni softver za analizu i generiranje izvještaja o analizi jednim klikom.
Kompatibilnost: kompatibilnost proizvoda, prilagođavanje glavnim ILM i MGI/ONT platformama.
Specifikacija proizvoda
| Kodeks proizvoda | Naziv proizvoda | Detektivna platforma | tehnički podaci |
| Hwts-ngs-t001 | Mycobacterium tipkanja i komplet za otkrivanje otpornosti na lijekove (metoda multipleksa pojačanja) | Ont 、 Illumina 、 MGI 、 Salus Pro | 16/96Rxn |
Post vremena: siječnja-23-2024