Nedavna studija objavljena uMikrobiomprovedena je virusna metagenomska analiza na 846 divljih malih sisavaca - uključujući šišmiše, glodavce i rovke - prikupljenih u Sierra Leoneu u Zapadnoj Africi. Studija je identificirala ukupno 39 RNA virusa povezanih sa sisavcima, uključujući 26 novih i 13 prethodno poznatih virusa. Među njima, porodica Paramyxoviridae pokazala je najveću raznolikost, dok su glodavci sadržavali najveći broj virusnih vrsta (n = 26).
Procjena zoonotičkog rizika otkrila je tri poznata zoonotička virusa - virus encefalomiokarditisa, virus Lassa i Rocahepevirus sp. - kao i tri virusa s potencijalnim rizikom od prelijevanja: Melian virus, virus hepatitisa glodavaca i Hunnivirus A. Među novo identificiranim virusima, Batledantevirus 2 pokazao je najsličniju filogenetsku vezu s virusom Le Dantec koji zarazi ljude. Serološka analiza dodatno je otkrila neutralizirajuća antitijela protiv ovog virusa kod 2,8% lokalnih stanovnika, što upućuje na prethodnu, vjerojatno neotkrivenu, izloženost ljudi.
Ovi nalazi ističu prisutnost značajnog rezervoara virusa kojim dominiraju glodavci u zapadnoj Africi i naglašavaju ključnu važnost integriranih strategija nadzora na sučelju čovjeka i životinje. Kombiniranje metagenomskog probira sa serološkom validacijom pruža robustan okvir za identifikaciju virusa sa zoonotskim potencijalom i potencijalom prelijevanja.
Tijekom proteklog desetljeća, više od 60% novih zaraznih bolesti kod ljudi potječe od životinjskih rezervoara, a šišmiši, glodavci i rovke prepoznati su kao ključni domaćini zoonotskih virusa. Afrika se općenito smatra žarištem zoonotskih bolesti. Primjerice, Sijera Leone prijavila je preko 28 000 slučajeva tijekom epidemije ebole 2014. – 2016.
Unatoč značajnom opterećenju zoonotskim bolestima u ovoj regiji, raznolikost i rasprostranjenost virusa kod divljih malih sisavaca ostaju nedovoljno okarakterizirane. Kako bi se riješio taj nedostatak, istraživači su proveli sustavnu analizu viroma 846 divljih malih sisavaca uhvaćenih na tri lokacije u Sijera Leoneu između 2018. i 2023. godine. Cilj studije bio je okarakterizirati virusnu raznolikost, identificirati kandidate s potencijalom prijenosa među vrstama, procijeniti rizik od zoonoza i generirati dokaze koji podržavaju sustave ranog upozoravanja na nove zarazne bolesti.
Osnovne metode
U studiji je primijenjen sveobuhvatni tijek rada virusne metagenomike:
- Obrada uzorka:Tkiva srca, jetre, slezene, pluća i bubrega su prikupljena, združena, homogenizirana i podvrgnuta ekstrakciji ukupne RNA.
- Sekvenciranje i sastavljanje:Prije izgradnje biblioteke provedeno je uklanjanje ribosomske RNA, nakon čega je uslijedilo sekvenciranje visokog protoka pomoću platforme Illumina NovaSeq 6000. Virusni kontigi sastavljeni su de novo.
- Identifikacija virusa:Virusi su identificirani na temelju poravnanja gena RNA-ovisne RNA polimeraze (RdRp). Zadržani su samo virusi povezani s kralježnjacima, isključujući bakterijske, gljivične i biljne viruse.
- Bioinformatička analiza:Provedena je filogenetska rekonstrukcija, analiza rekombinacije, modeliranje međuvrsne prijenosne mreže i procjena zoonotičkog rizika.
- Serološka validacija:Za Batledantevirus 2 razvijen je test neutralizacije pseudovirusa temeljen na VSV-u. Neutralizirajuća antitijela otkrivena su u 2,8% ljudskih seruma, što dokazuje potencijalni zoonotski prijenos.
StudijaRezultati
1. Otkriće i raznolikost virusa
Ova studija provedena je transkriptomska analiza sekvenciranja na 846 divljih životinja prikupljenih u Sijera Leoneu, uključujući glodavce, šišmiše i rovke. Na temelju potpunih sekvenci gena RNA-ovisne RNA polimeraze (RdRp), identificirano je ukupno 39 RNA virusa povezanih sa sisavcima, uključujući 13 prethodno poznatih virusa i 26 novih virusa.
Što se tiče virusnog sastava, porodica Paramyxoviridae pokazala je najveću razinu raznolikosti u sva tri reda domaćina, a slijede je Astroviridae i Picornaviridae. Što se tiče distribucije domaćina, glodavci su doprinijeli najvećom virusnom raznolikošću, s ukupno 26 virusnih vrsta, što ukazuje na njihovu istaknutu ulogu kao rezervoara virusne raznolikosti u regiji.
2. Zoonotski rizik
Procjena zoonotičkog rizika identificirala je tri poznata zoonotička virusa: virus encefalomiokarditisa, virus Lassa i vrste Rocahepevirus. Osim toga, tri virusa - Melian virus, virus hepatitisa glodavaca i Hunnivirus A - identificirani su kao potencijalni rizik prelijevanja.
Među 26 novootkrivenih virusa, za četiri je predviđen visok zoonotski potencijal na temelju filogenetskih i genomskih karakteristika. Posebno je važno napomenuti da je Batledantevirus 2 pokazao najsličniju filogenetsku povezanost s poznatim virusom Le Dantec koji zarazuje ljude.
Naknadna serološka istraživanja dodatno su potvrdila ovaj nalaz, budući da su neutralizirajuća antitijela protiv Batledantevirusa 2 otkrivena u 2,8% seruma lokalnog stanovništva. Ovaj rezultat sugerira da su se unutar ljudske populacije već mogle dogoditi neprepoznate ili asimptomatske infekcije, što ističe potencijalni, ali prethodno neotkriveni zoonotski put prijenosa.
3. Dinamika prijenosa među vrstama
Analiza međuvrsnog prijenosa pokazala je da glodavci zauzimaju središnju poziciju unutar mreže dijeljenja virusa, djelujući kao ključni čvorovi koji olakšavaju razmjenu virusa između vrsta domaćina. Ukupno 15 virusa identificirano je s potencijalom za međuvrsni prijenos.
Daljnja analiza obrazaca međurednog prijenosa pokazala je da se dijeljenje virusa češće događalo među domaćinima unutar istog taksonomskog reda, što sugerira da povezanost domaćina igra važnu ulogu u dinamici prijenosa. Nasuprot tome, šišmiši su pokazali relativno niži kapacitet za međuredni prijenos.
Važno je napomenuti da su kod određenih virusa uočeni dokazi o širenju raspona domaćina. Na primjer, Melian virus, koji se prije smatrao specifičnim za rovke, u ovoj je studiji otkriven i kod glodavaca, što ukazuje na potencijalnu promjenu u prilagodljivosti domaćina i povećani rizik šireg prijenosa.
Zaključci i implikacije za javno zdravlje
- Visoka raznolikost viroma kod divljih malih sisavaca:Otkriće 39 RNA virusa, uključujući 26 novih vrsta, otkriva veliki rezervoar virusa u regiji i prvi put izvještava o novim virusima s visokim zoonotičkim potencijalom (npr. Batledantevirus 2).
- Glodavci kao prioritetne mete nadzora:Glodavci djeluju kao ključna središta za prijenos virusa i nose najveću virusnu raznolikost, što predstavlja najveći rizik od prelijevanja.
- Potreba za integriranim strategijama nadzora:Nalazi podupiru davanje prioriteta glodavcima u programima aktivnog nadzora i provedbu integriranih pristupa koji kombiniraju metagenomiku, serologiju i ekološko praćenje na sučeljima čovjeka i divljih životinja.
Sveukupno, ova studija pruža ključne dokaze koji podupiru sustave ranog upozoravanja i okvire za procjenu rizika za nove zoonoze, naglašavajući važnost proaktivnog nadzora u regijama visokog rizika.
Informacije o proizvodu
Vrijeme objave: 23. ožujka 2026.